La CTI s'est donné pour objectif de puiser davantage d'innovation dans la collaboration entre l'économie et la science. Chaque année, elle finance plusieurs centaines de projets de recherche appliquée et développement (Ra&D) menés conjointement par des entreprises et des hautes écoles.

L'économie et en particulier les petites et moyennes entreprises sont ainsi encouragées à profiter des ressources Ra&D des hautes écoles pour leurs innovations. En outre, la CTI aide les chercheurs des hautes écoles à transformer leurs résultats de recherche en produits et prestations compétitifs, et à les mettre sur le marché en collaboration avec les entreprises.

Seules les idées brillantes introduites rapidement sur le marché ont une chance de réussir dans la concurrence internationale. C'est donc ici qu'intervient l'encouragement de projets de la CTI. Celle-ci cofinance en effet des projets Ra&D menés par des entreprises, des administrations publiques ou des organisations à but non lucratif en collaboration avec des hautes écoles. Son encouragement s'étend à toutes les disciplines. Les partenaires définissent eux-mêmes leur projet, les principaux critères d'encouragement étant le potentiel d'innovation et l'impact économique. Le soutien financier de la Confédération est versé exclusivement aux hautes écoles. La CTI finance ainsi chaque année les salaires de près de 1000 chercheurs.

Le bénéfice est double pour les entreprises : elles bénéficient d'une part des résultats de projets et, de l'autre, de la relève de cadres formés à la Ra&D et sensibles aux exigences du marché. Ce sont en particulier les PME disposant de ressources de recherche limitées qui peuvent profiter des prestations et des infrastructures Ra&D des hautes écoles afin de réaliser plus rapidement leurs propres innovations.